繼107年5月16日第一次民間討論會和107年8月11日世界咖啡館會議，民間社群與公部門已藉由不斷互動的過程當中累積出許多議題，為了承接這些討論能量，於107年10月8日上午10點召開第二次「阿公店溪流域綜合治理民間討論會議」，本次會議續談及追蹤這些會議中挖掘出的民間關心項目，包括阿公店溪流域公共污水下水道推動情形、阿公店溪流域事業污染源的管制策略、以及區域排水中各項水質議題。
此次會議出席有經濟部水利署第六河川局、有經濟部水利署南區水資源局、高雄市政府相關局處、臺灣高雄農田水利會岡山工作站、本洲產業園區服務中心、岡山區壽峰社區發展協會、岡山區潭底社區發展協會、阿蓮區崙港社區發展協會、阿公店溪防汛志工、高雄市援剿人文協會等共16個公、私單位，總計26位代表出席討論。
本次會議圍繞在前瞻計畫中「親近水」的各面向議題，從公共污水下水道建設到事業廢水管制策略，以及岡山、阿蓮地區區域排水的環境整理與水質問題等進行深度討論與意見交換，會中除了公部門說明目前政府對阿公店溪流域相關議題之作為外，民間也提出需更透明、公開地呈現各項水質的檢驗結果，或有取水疑慮之處也應增加檢驗點等建言。藉由此次會議讓負責阿公店溪流域環境管理的各政府部門向流域住民報告工作職掌與成果，透過溝通促進民眾協力公部門推展相關工作。此次會議後長榮大學河川保育中心也將持續追蹤各項議題後續處理結果的追蹤。