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水系別1 河流別 名稱 治理區段起點 治理區段終點 流經地區
曾文溪 主流 曾文溪 曾文水庫溢洪道出口 出海口 嘉義縣、台南市
支流 後堀溪 南化水庫下游清芳橋 後堀溪、曾文溪合流點 台南市
支流 官田溪 烏山頭水庫洩洪道終點 官田溪、曾文溪合流點 台南市
  支流 菜寮溪 鏡面水庫副壩 菜寮溪、曾文溪合流點  台南市
鹽水溪 主流 鹽水溪 關廟新光村合流點 出海口 台南市
  支流 那拔林溪 新化區那拔里千鳥橋 合流點 台南市
二仁溪 主流 二仁溪 內興村台三線公路橋 出海口 台南市、高雄市
支流 牛稠埔溪 田寮區牛稠埔 牛稠埔溪、二仁溪合流點 高雄市
  支流 松子腳溪 台南市龍崎區大平里大坪二號橋 二仁溪合流點 台南市
阿公店溪 主流 阿公店溪 阿公店水庫溢洪道終點 出海口 高雄市