本分署業務區域位於台灣本島之西南部，北至台南市急水溪，南至高屏溪，涵蓋嘉義縣、台南市及高雄市，轄區面積約2,850平方公里 。轄境內計有曾文溪、鹽水溪、二仁溪及阿公店溪四大流域。並管理三爺溪排水、西機場排水、鹽水溪排水、曾文溪排水、安順寮排水、典寶溪排水等中央管排水，以及自台南北門海堤至高雄東西汕海堤止(扣除原高雄市範圍)之全長94公里海岸。