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本分署業務區域位於台灣本島之西南部,北至台南市急水溪,南至高屏溪,涵蓋嘉義縣、台南市及高雄市,轄區面積約2,850平方公里 。轄境內計有曾文溪、鹽水溪、二仁溪及阿公店溪四大流域。並管理西機場排水、鹽水溪排水、曾文溪排水、典寶溪排水等中央管排水,以及自台南北門海堤至高雄東西汕海堤止(扣除原高雄市範圍)之全長94公里海岸。