本分署業務區域位於台灣西南部，北至台南市急水溪，南至高屏溪，涵蓋嘉義縣、台南市及高雄市，轄區面積約2,850平方公里 。轄境內計有曾文溪、鹽水溪、二仁溪及阿公店溪四大流域。並管理三爺溪排水、西機場排水、鹽水溪排水、曾文溪排水、安順寮排水、典寶溪排水等中央管排水，以及自台南北門海堤至高雄東西汕海堤止之全長94公里海岸。
主管業務為轄境內各項流域綜合治理計畫及前瞻水環境計畫等水利工程之執行，包括海堤興建及中央管河川、區域排水堤防之興建及整治等，並辦理水文基本資料之測量、調查、規劃，及河川管理、海堤管理、河川海堤區域之勘測、工程用地取得及違法違規行為之預防與取締處罰等水利行政事項。