歷年以來本分署所完成之各項工程較為重大者如下：
水庫工程部分：本局完成之水庫工程計有澎湖縣境之興仁、東衛、西安、小池及赤崁地下水庫，台南市境之鏡面水庫，高雄市境之阿公店水庫，並支援南化水庫先期工程之興建。
河堤工程部份：曾文溪、鹽水溪、二仁溪及阿公店溪之堤防工程之新建、加強、歲修。
海堤工程部份：除轄境約80,200公尺海岸線跨台南市及高雄市之海堤新建加強外，並支援嘉義縣網寮地區之海堤新建工程。
排水工程部份：除高雄市轄境之草潭埤排水外，並支援嘉義縣網寮地區之海堤外圍排水之改善。
灌溉工程部份：早期完成之曾文水庫配合灌溉工程。