曾文溪：曾文溪水系主流曾文溪計畫防洪工程堤防90,514公尺、護岸8,235公尺，已辦理興建堤防87,964公尺、護岸6,650公尺，尚待辦理興建堤防2,550公尺、護岸1,585公尺；曾文溪支流後堀溪計畫防洪工程護岸800公尺。
鹽水溪：鹽水溪計畫防洪工程堤防61,241公尺、護岸1,703公尺、加高加強8,082公尺，已辦理興建堤防50,656公尺，護岸397公尺；尚待辦理興建堤防10,585公尺、護岸1,306公尺、加高加強8,082公尺。
二仁溪：二仁溪計畫防洪工程興建堤防19,895公尺，護岸40公尺，尚待辦理護岸計劃長度40公尺。
阿公店溪：阿公店溪計畫防洪工程興建堤防16444公尺、護岸14471公尺，已全部辦理完成。
台南市海堤可建長度52,308公尺，已建45,656公尺，高雄市海堤可建長度24,728公尺，已建21,677公尺；因應海岸法若無保護需求不再新建海堤。