依據「經濟部水利署各河川局組織規程」規定,本局置局長1人,職務列簡任第10職等至簡任第11職等,綜理局務,並指揮監督所屬員工;副局長1人,職務列等薦任第9職等至簡任第10職等,襄助局務;秘書1人,正工程司9至18人,職務均列薦任第8職等至第9職等;課長4人,職務列薦任第8職等,其中3人由正工程司兼任;副工程司8至21人,職務列薦任第7職等至第8職等;工程員18人至28人,課員3人至6人,職務均列委任第5職等或薦任第6職等至第7職等;辦事員2人或3人,職務列委任第3職等至第5職等;書記1人,職務列委任第1職等至第3職等。
本局設人事室,置主任1人,職務列薦任第7職等至第8職等,依法辦理人事管理事項;設主計室,置主任1人,職務列薦任第7職等至第8職等,依法辦理歲計、會計及統計事項;設政風室,置主任1人,職務列薦任第7職等至第8職等,依法辦理政風事項,其餘所需工作人員,均就組織通則所定員額內派充之。