依據「經濟部水利署各河川局組織規程」規定，本局置局長1人，職務列簡任第10職等至簡任第11職等，綜理局務，並指揮監督所屬員工；副局長1人，職務列等薦任第9職等至簡任第10職等，襄助局務；秘書1人，正工程司9至18人，職務均列薦任第8職等至第9職等；課長4人，職務列薦任第8職等，其中3人由正工程司兼任；副工程司8至21人，職務列薦任第7職等至第8職等；工程員18人至28人，課員3人至6人，職務均列委任第5職等或薦任第6職等至第7職等；辦事員2人或3人，職務列委任第3職等至第5職等；書記1人，職務列委任第1職等至第3職等。
本局設人事室，置主任1人，職務列薦任第7職等至第8職等，依法辦理人事管理事項；設主計室，置主任1人，職務列薦任第7職等至第8職等，依法辦理歲計、會計及統計事項；設政風室，置主任1人，職務列薦任第7職等至第8職等，依法辦理政風事項，其餘所需工作人員，均就組織通則所定員額內派充之。