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本局現行組織依據總統核定施行之「經濟部水利署各河川局組織通則」,本局在組織架構上

1.置局長一人綜理局務,並指揮監督所屬員工;副局長一人,襄助局務。
2.置秘書一人,綜核文稿。
3.設工務、管理、規劃、資產等四課,分別掌理業務有關事項。
4.依法設置秘書室、人事室、主計室、政風室等四室,分別掌理行政有關事項。

其組織架構如表:

 組織圖