本分署前身係民國34年台灣光復後所接收日治時期之阿公店治水事務所，民國35年4月改制為臺灣省行政長官公署工礦處公共工程局第九工程處，仍續辦阿公店水庫興築事宜，嗣于36年5月，行政長官公署奉令改組為臺灣省政府後，工礦處改為建設廳，本處改為臺灣省政府建設廳公共工程局第九工程處;旋于同（36）年7月改組為臺灣省政府建設廳水利局第九工處，復于同年11月奉令改稱為臺灣省政府建設廳水利局阿公店工程處，再于民國45年8月奉令自9月1日起改稱臺灣省水利局第六工程處，直隸臺灣省水利局督導管轄。民國87年1月23日年奉臺灣省政府令改制為臺灣省第六河川局，直隸臺灣省政府水利處督導管轄，民國88年7月1日改隸經濟部水利處第六河川局，民國91年3月28日改隸經濟部水利署第六河川局。民國112年9月26日配合行政院組織調整，更名為經濟部水利署第六河川分署。