河川治理整體規劃
由於政府目前的組織架構為「水」「土」分治，水、土資源的開發與河川水系上、中、下游主、支流的管理、整治皆各有權責單位，且常各依其權責行事，無法就流域水、土資源的總量及流域所能承受環境開發造成之負擔問題做整體考量，進行縱向、橫向之協調聯繫，以致常事倍功半。
河川流域的水土資源實為一體，流域內任何土地利用方式或開發計畫，對流域水資源的涵養及供需調配、水質、河川的排洪負擔、河川正常機能的維持、生態保育、生活環境品質、河道的平衡、海岸的消長等皆會造成一定程度的影響與衝擊。台灣的水土資源並不豐富，而以往的水土資源開發計畫均只著重於需求面，絕少就供給面及週遭環境承受能力等因素加以考量，此種影響與衝擊的程度就愈形明顯，其結果是災情屢現，政府雖投資大量經費、人力用以防災，但效果有限。故基於資源永續利用及環境生態保護之推展，河川扮演角色趨於多元化，往後的河川治理必需導向於下列目標：－河川流域自然資源需善加保護。－河川流域水土資源應做整體永續之規劃利用。－利用河川做為排放水體，應在河川承受能力範圍內實施污染源總量管制。－河川防災治理應兼顧環境生態保護及土地多元化利用。
因此，針對河川整治工作，本部刻正推動以「整體規劃，分工辦理」之原則，兼顧水資源利用、防災、污染防治、環境生態保護及土地利用做整體綜合性規劃，再研擬整體性治理計畫。至於流域整體治理計畫範疇，雖因各河川情不同而異，但不外縱向之流域上、中、下游調合及橫向水、土資源、環境生態保護、利用之綱領，至少應包含
集水區治理
水資源保育利用
環境生態保育
防災治理
土地利用等五大項目。此項流域整體治理計畫將來除做為區域土地利用規劃之上位計畫外，並應為相關機關擬訂河川治理及管理、排水改善、水資源開發利用、污染整治、集水區經營、保護區設置、非工程防災措施等細部計畫之依據，亦應為核定重大經建計畫、農業發展計畫之參考計畫。
防洪工程
為防止水害，本部除研擬全省河海堤六年計畫（自七十五年起至今已進入第三期）據以辦理防洪排水工程外，並針對具有整體急要性之河川或地區提報防洪專案計畫，並經行政院審議核定後據以實施，如基隆河治理工程初期實施計畫、台北防洪計畫、大里溪治理計畫等，執行迄今，各項工作均有良好成效。
為使規劃、設計、施工及管理等河川治理階段工作密切結合，本處公告中央管河川二十四水系、縣管河川九十一水系以釐清權責，並達成河川治理事權統一目標。且因國民生活水準提昇，民眾對休閒空間需求日增，目前本處辦理防洪工程採高、低水治理相互配合，以兼顧多自然生態保育、景觀維護及防災等。
排水工程
台灣有關都市之防洪排水及雨水下水道系統興建，係由內政部營建署本權責辦理。都市區外之排水治理及維護管理，依據水利法之規定，係屬縣（市）政府權責。為協助各縣（市）政府辦理改善轄區內排水，本部歷年之區域排水改善工程計畫均編列預算補助各縣（市）政府辦理排水溝渠改善工程及疏浚維護工程，並依「台灣省排水設施維護管理辦法」辦理排水設施維護管理工作考核，以督促各縣（市）政府。
至於排水規劃應講求生態、水文的平衡與環境和諧，亦為本部今後辦理排水規劃努力的目標。
防災預警
本部負責台灣水災災害防災對策研擬及水災災情搜集、分析，並提供各級指揮救災工作之參考，為有效掌握台灣河川、水庫、雨量及地下水等動態資訊，尤其在颱風豪雨期間，能提早告知居民預先做防災準備，減少生命財產損失，一九九六年賀伯颱風災害後，為落實全台性防洪安全制度，整合並迅速收集全省水文情報，以便即時掌握最近水文狀況，適時做出適當決策，本部於八十六年八月完成了「全台水文情報中心系統」。
該系統之建置，其系統作業方式係整合了網際網路、多媒體展示、數位影像處理、資料庫複製及網路整合等技術，並以達成水情資訊之「蒐集」、「分析」及水利設施操作「督導」為目標。從該系統完成之初，即遭逢「溫妮」、「安珀」颱風及一年多來遭遇的多次颱風、豪雨的實際運作經驗中，證明藉由該系統所蒐集的即時水情與災情資訊，可利用相關決策人員順利掌握全省各地區之水利災情狀況，適時做出決策，並使災情損失程度降至最低。
由於該系統於最初建置之始，受限於時間與經費，並未能將本部對該系統之原始構想全部付之實施完成，僅以有限的時間與經費完成了第一階段建置工作，另因從第一階段完成後，一年多來的實際操作經驗中，深覺該系統仍有加以改良擴充之必要，故擬在第一階段完成的既有功能基礎及考量實際操作需要與後續發展需要的條件下，繼續完成該系統第二階段之建置，期能使該系統所展現的功能與效用，更加的廣泛與完備。
淡水河供水預報系統，採用全套無線電自動測報系統，可在洪水來臨前預報洪水情況，並告知沿岸低窪地區居民，請其預作警戒與防範，減少生命財產之損失。
除防汛期中之洪水預報外，本系統可全年連續自動測報整個流域各地降雨及主要控制點水位記錄。此等資料蒐集後，可經由系統之整理後，供台北地區水資源開發之參考與應用，並透過網際網路以提供工程、非工程等防洪設施以及可能發生的洪水及災害等資訊，使相關單位及民眾能及早防範準備。