二仁溪係於88年始由台南縣政府移交經濟部水利署(前經濟部水利處)管理，並改列為中央管河川，職掌為防洪、治水及水資源開發業務，於辦理二仁溪整治工程時，陸續發現早期縣(市)政府管理時期既遭棄置事業廢棄物，因廢棄物處理並非水利署處理權責，僅就二仁溪堤防工程範圍辦理廢棄物清理作業。
第六河川局表示，有關二仁溪現存於高灘地之廢棄物案件，經行政院環境保護署、臺南市政府及水利署多次會議協調，相關分工原則，由地方環保局辦理環境調查作業，水利署協助辦理緊急移除打包，運至環保局提供之廢棄物暫置地點，並由環保機關辦理廢棄物處理前之暫置作業及廢棄物處理。
針對南萣橋上游右岸450公尺廢棄物案，依據台南市政府環保局辦理之調查成果報告書，移除數量預估約5,520立方公尺，水利署已編列相關緊急移除費用，並由第六河川局執行並於108年1月10日完成發包簽約，俟臺南市政府環保局提供暫置場地後，即可辦理開工清運。第六河川局於108年4月2日函請臺南市政府環境保護局儘速提供適當地點，以供將前述廢棄物移置。
吳焜裕立法委員分別於108年2月21日及108年3月15日邀集行政院環境保護署、臺南市政府環保局及水利署等相關機關召開「二仁溪廢棄物處置與再利用議題」研商會議，有關二仁溪廢棄物後續辦理方式，臺南市政府環保局目前針對南區喜樹舊有柴油車動力計站廢棄物暫置場所已堆置二仁溪出海口及二行娘娘廟往西800公尺處河灘地清除移置之103.79噸(189包)太空包，將辦理暫存區廠房修繕計畫及多元去化廢棄物試驗計畫，俟去化廢棄物試驗計畫完成後，將可提出更精準廢棄物成分、處理技術與處理經費等相關資料，估計8個月可完成廢棄物成分分析，再依成果評估後續廢棄物處理經費及辦理期程。
廢棄物清理工作(含調查、暫置、處理)，應由環保機關統籌辦理，水利署編列之公務預算及水資源作業基金係用於辦理防洪、治水及水資源開發業務，廢棄物清理非水利署所職掌業務，著實無法編列相關預算，倘涉及影響河防安全部分，水利署即積極協助辦理。
發言人：第六河川局副局長 郭建宏
電話：07-6279002