尼莎颱風移動速度緩慢，受太平洋高壓影響路徑未明，美國、日本、菲律賓等國與中央氣象局預報結果對登陸地點看法不一，亦可能為南部地區帶來豐沛降雨。第六河川局為因應各種登台路徑，已作足防汛整備工作，期降低災損及各項潛勢風險。
六河局表示現已完成曾文溪、鹽水溪、二仁溪、阿公店溪4條中央管河川、6條中央管排水及海堤構造物之全面巡查，針對轄管451座水門操作再行檢測查驗，以確保啟閉功能正常；5台大型移動式抽水機其妥善率達百分之百，上車待命可隨時出勤支援；各河段搶險工程廠商已備妥防汛器材，可於第一時間搶險遏止災害擴大；各型防汛混凝土塊23,226個，分別堆置於16處防汛備料場址就近調撥，遏止災情擴大；投入141名防汛護水志工進行區段巡查，就近巡查回報，得以掌握現地資訊及第一手水（災）情。
六河局轄管水文測站共26站，透過行動數據連線，觀測資料皆同步回傳至雲端資料庫，目前功能全數正常，可提供即時水位及警戒資訊，並主動發布水位警戒簡訊予沿岸公所防災人員及里長，民眾亦可於水利署防災資訊服務網瀏覽，或下載行動水情APP，可獲得所在地最即時水位及警戒資訊。
六河局為加強與地方政府合作，除派員進駐市府應變中心外，以特別預算補助臺南市設置滯洪池9座、高雄市7座以提高防洪能量，並提醒市政府現階段滯洪池應行預降水位、淹水潛勢地區預佈抽水機等事宜。另補助臺南市政府成立水患自主防災社區35處、高雄市政府36處，應適時啟動應變機制，期於本次颱風中達到減災、避災之成效。面臨尼莎颱風路徑未明，中央與地方政府保持密切聯繫，俾利相互支援共同防災。