98年「莫拉克颱風」挾帶超大豪雨，造成曾文溪主流河道流量皆超過100年洪水重現期洪峰流量之防洪保護標準，以致水庫下游河道無法負荷因豪大雨及曾文水庫之洩洪而溢淹兩岸，使得下游沿岸安定、麻豆、官田、大內、善化等多數鄉鎮淹水成災。
為及早減少水患，降低淹水風險，本署積極努力爭取經費，終獲中央核定辦理「曾文溪專案工程」，本專案計畫預定於98年~101年辦理新建堤防及護岸長度約22公里，其中亦包含非工程措施－「防洪預警系統」，總經費達27億元。
本計畫針對河川主流部份採築堤束洪與河道疏浚並重，為同時考量解決內、外水問題，併同縣管區域排水整治進行改善，期由工程措施與減洪、避災非工程措施並重，以降低淹水災害發生機率。
整體計畫共發包為24件工程，至今年9月已全部完工在案。為能如期完工，本署第六河川局施工過程中積極要求施工廠商增加人員及機具，把握汛期前黃金施工期積極趕工。
本計畫預期績效為改善安定、善化、麻豆、官田、山上及大內等地區長期嚴重淹水問題，以保障人民生命財產安全，並提昇當地居民生活品質。預計本計畫實施完成後，除沿岸部份地勢低窪地區內水無法排除外，可減少淹水面積共達3,810公頃。